I forbindelse med arbejdet med Udviklingsstrategien og Styringsaftalen er der oprettet to arbejdsgrupper: Den strategiske arbejdsgruppe der tager sig af arbejdet med Udviklingsstrategien, og den økonomiske arbejdsgruppe der tager sig af arbejdet med Styringsaftalen. Derudover oprettes der forskellige faglige arbejdsgrupper eksempelvis i forbindelse med særlige initiativer i de to aftaler. Disse arbejdsgrupper er tidsbegrænsede.